گیاهان دارویی ، به تولید طیف گسترده ای از متابولیتهای ثانویه گیاه (PSM) که به ترتیب به عنوان حشره کشها ، داروها ، رنگها و سموم در کشاورزی ، پزشکی ، صنایع و جنگهای زیستی به علاوه بیولوژیک تروریسم کاربرد دارند. با این حال ، تولید PSM ها معمولاً در مقادیر اندک است ، بنابراین ما باید راه های جدیدی را برای افزایش کمیت و کیفیت آنها بیابیم. خوشبختانه ، بیوتکنولوژی گزینه های مختلفی را ارائه می دهد که از طریق آنها می توان متابولیسم ثانویه در گیاهان را به روش های ابتکاری طراحی کرد: ۱) تولید بیش از حد متابولیت های مفید ، ۲) تولید متابولیت های سمی ، ۳) تولید متابولیت های جدید. در میان روش ها ، تداخل RNA (RNAi) که شامل تنظیم خاص ژن توسط RNA های غیر کد کننده کوچک (sncRNAs) است اخیراً بعنوان ابزاری نوید بخش برای بیوتکنولوژیست گیاهان مطرح شده است ، نه تنها برای کشف عملکرد ژن های گیاهی ، بلکه برای رشد گیاهان با صفات بهبود یافته و جدید از طریق دستکاری ژنهای مطلوب و نامطلوب. در میان sncRNA ها ، miRNA ها نقش نظارتی مختلفی را در گیاهان از جمله توسعه ، انتقال سیگنال ، پاسخ به تنش های محیطی ، سوخت و ساز بدن ثبت کرده اند. مطمئناً استفاده از miRNA ها در مهندسی متابولیک نیاز به شناسایی miRNA های درگیر در بیوسنتز متابولیت ها ، درک مسیرهای بیوسنتزیک و همچنین شناسایی نقاط کلیدی مسیرهایی که miRNA ها دارند تأثیر خود را دارد. بنابراین ، ابتدا این سه موضوع را در مورد مهندسی متابولیک گیاهان دارویی در نظر می گیریم. بررسی ما نشان می دهد ، استفاده از miRNA ها می تواند یک چشم انداز جدید برای مهندسی متابولیک گیاهان دارویی باز کند.